Pomocí Správce aplikací RemoteApp je možné měnit stávající Programy aplikací RemoteApp v seznamu Aplikace RemoteApp nebo je z tohoto seznamu odebírat. Kromě toho lze importovat seznam aplikací Programy aplikací RemoteApp a globální nastavení nasazení z jiného serveru Hostitel relací VP nebo je na jiný takovýto server exportovat.