Programy na serwerze zdalnym należy instalować po zainstalowaniu usługi roli Host sesji usług pulpitu zdalnego. Program na serwerze Host sesji usług pulpitu zdalnego instaluje się tak samo, jak w przypadku instalacji na pulpicie lokalnym. Należy się jednak upewnić, że program jest instalowany dla wszystkich użytkowników i że wszystkie składniki programu są instalowane lokalnie na serwerze Host sesji usług pulpitu zdalnego.
Zaleca się instalowanie programów pokrewnych i programów wzajemnie od siebie zależnych na tym samym serwerze Host sesji usług pulpitu zdalnego. Na przykład pakiet Microsoft Office powinien być instalowany w całości na jednym serwerze Host sesji usług pulpitu zdalnego, a nie na różnych serwerach jako pojedyncze programy.
Instalację poszczególnych programów na oddzielnych serwerach Host sesji usług pulpitu zdalnego należy rozważyć w następujących okolicznościach:
- W przypadku danego programu występują problemy ze zgodnością mogące mieć wpływ na inne programy.
- Moc serwera może zostać w pełni wykorzystana z powodu liczby użytkowników skojarzonych z jednym programem.