Certifikační autorita (CA) je důležitým prostředkem každé organizace. Je proto důležité počítat s možnými problémy, jako je například selhání pevného disku nebo poškození databáze, a pravidelně zálohovat a obnovovat certifikační autoritu. Úplné zálohování serveru rovněž zajistí zálohování certifikační autority nainstalované na serveru. Lze však také zálohovat a obnovit pouze certifikační autoritu. V případě hardwaru starého několik let se některé organizace také mohou rozhodnout, že certifikační autoritu přesunou na nový hardware za účelem zlepšení výkonu a odebrání staršího hardwaru dříve, než dojde k chybě klíčové součásti.