Un tipo particolarmente utile di oggetto di directory presente all'interno dei domini è l'unità organizzativa (OU, Organizational Unit). Le unità organizzative sono contenitori Active Directory nei quali è possibile inserire utenti, gruppi, computer e altre unità organizzative. Un'unità organizzativa non può contenere oggetti di altri domini.
Un'unità organizzativa è l'ambito o l'unità di dimensioni inferiori a cui è possibile assegnare impostazioni di Criteri di gruppo o delegare autorità amministrativa. Mediante le unità amministrative è possibile creare all'interno del dominio contenitori in grado di rispecchiare la struttura gerarchica e la struttura logica dell'organizzazione, consentendo quindi di gestire la configurazione e l'utilizzo degli account e delle risorse in base al modello organizzativo.
Le unità organizzative possono contenere altre unità organizzative. È possibile estendere la gerarchia di unità organizzative in base alla proprie esigenze per modellare gerarchia dell'organizzazione all'interno del dominio. Le unità organizzative consentono di ridurre al minimo il numero dei domini necessari per la rete.
Con le unità organizzative è possibile creare un modello amministrativo ridimensionabile in base a qualsiasi esigenza. È possibile assegnare a un utente autorità amministrativa su tutte le unità organizzative di un dominio o su un'unica unità organizzativa. L'amministratore di un'unità organizzativa non deve necessariamente disporre di autorità amministrativa su altre unità organizzative del dominio.