W programie Menedżer programów RemoteApp można zmieniać istniejące elementy Programy RemoteApp i usuwać programy z listy Programy trybu RemoteApp. Ponadto można importować z innego serwera Host sesji usług pulpitu zdalnego i eksportować na inny serwer listę elementów Programy RemoteApp oraz ustawienia globalne wdrażania.