IIS, kullanıcıların komut dosyası ayarlamasına ve bir sanal dizin üzerinde kendi yazma izinlerinden ayrı izinler çalıştırmasına izin verir. Normalde bir sanal dizinde komut dosyası ve program yürütmeye izin vermek isteyen yöneticiler söz konusu sanal dizinde yazma izni vermez (bu da istemcilerin bir dizine yürütülebilir komut dosyası veya program yükleyip bunları yürütmesini engeller). Ancak, bir sanal dizinde BITS Sunucusu etkin olduğunda, sanal dizinde yazma izinleri engellenmiş olsa bile, istemciler BITS Sunucusu'nu kullanarak bu dizine yazabilir.
Sunucuyu korumak için, BITS Sunucusu BITS karşıya yükleme özelliği etkin olan sanal dizinlerde tüm komut dosyası ve çalıştırma izinlerini devre dışı bırakır. Bu sanal dizinin güvenliğinin sağlanmasına yardımcı olmak için BITS Sunucusu, karşıya veri yüklemeye yönelik herhangi bir istemci isteğine yanıt vermeden önce bu izinlerin devre dışı bırakıldığını onaylar. Bu izinler herhangi bir anda etkinleştirilirse, BITS Sunucusu, izinler yeniden devre dışı bırakılıncaya kadar tüm karşıya yükleme isteklerini reddeder. BITS Sunucusu böyle bir ortamda her istek reddettiğinde IIS günlüklerine bir günlük girişi yazar.